金針菇為好氣性真菌，在代謝過程中需要不斷吸收新鮮空氣。金針菇在催蕾期和子實體生長前期需要消耗大量的氧氣，特別是在大量栽培時，當空氣中二氧化碳濃度超過0.6％，子實體和菌蓋的發育就會受到抑制。但在子實體長到4厘米高時，則需要控制菇棚內的氧氣含量，此后若菇棚內氧氣含量較高，金針菇菇柄短，菇帽容易開傘。
金針菇催蕾期和子實體生長前期要補氧每天將菌袋外覆蓋的薄膜揭開，并在早晨和傍晚打開棚室前后通風口，通風1小時，然后將菌袋外的薄膜蓋嚴保濕，關閉棚室前后的通風口。這樣既可以補氧，又可以使菇棚內保持較高的濕度，有利于催蕾和子實體發育。
子實體迅速發育期要控氧：為保持菇房內空氣新鮮，棚室前后通風口可全天開放。為降低子實體周圍的氧氣含量，菌袋外覆蓋的薄膜要蓋嚴，但需在早晨和傍晚各通風一次，排出菌袋附近的有害氣體，時間為10分鐘左右。
